昭和26年、当時の金峯山寺管長であった五條覚澄大僧正猊下が、新しい行場を開くために、蔵王堂の裏の谷間を下る途中、子供たちにいたずらされた蛇を見つけた。

その蛇は頭を割られて死んでいた。

子供たちを叱り、蛇を近くの洞窟に安置し、回向を捧げて帰ると、その夜、「われは蔵王権現の変化神・脳天大神なり、先ほどの蛇は人々の苦しみを、あのような姿に変えて見せたのである。多くの人々の、特に頭の病や、悩み苦しみを救う為に、われを脳天大神として祭られたし。」という霊示を受け、この地に脳天大神を祭祀することとなった。

以来、多くの人々が脳天大神の奇跡を受け、その御霊徳により、吉野の深い谷に一年中絶えることなく参拝者が訪れるようになった。

首から上の病気だけでなく、様々な願いを抱く人々や入試合格を願う人々の大祈祷所として、「脳天大神」は「のうてんさん」と親しまれている。

当山の脳天大神は東京別院として、その御分霊を祀っている。